荷據時期，荷人為開拓蔗糖與稻米的通商貿易利益，大量招徠漢人墾殖。滿清入關後，福建沿海漢人為避戰禍，渡海來台灣者更多，估計當時漢人在台已有四萬多人（台灣省通志卷二人民志人口篇），大部分在台南附近，另有部分從打狗（高雄）登陸的捕漁、狩獵、墾殖、貿易的漢人，與平埔族土著雜居，或深入內陸開墾私田，逐漸形成村落。

    根據楊英「從征實錄」記載，鄭成功在南京一役敗退後，為解決軍糧及軍士眷屬定居問題，決定接受漢人何斌的建議，於永曆十五年（西元一六六一年）三月二十三日，率兵二萬五千、船艦四百，由金門料羅灣開航，中泊澎湖，四月一日抵鹿耳門。鄭成功在澎湖已有缺糧之患，先攻普羅民遮城（赤崁城），一方面派馬信長圍熱蘭遮城（安平古堡），一方面安撫百姓及派兵屯墾，成為漢人抵台拓墾的第一批移民潮。

    五月克赤崁城，改赤崁為東都明京，設承天府，府下設天興、萬年二縣；新港溪以北設天興縣，該溪以南設萬年縣。隨即遣發各鎮營歸汎。「以左先鋒札北路新港仔、竹塹；以援剿後鎮、後衝鎮、智武鎮、英兵鎮、虎衛右鎮繼札屯墾；以中衝、義武、左衝、前衝、遊兵等鎮札南路鳳山、觀音山屯墾，頒發文武官，照原給額各六個月俸役銀，付之開墾。」因此，可以確定有一支鄭成功的部隊往「鳳山」方向屯墾。鄭經改東都為東寧，陞天興、萬年兩縣為州，又配合軍屯的進墾，設南路、北路、澎湖三營。 

    明鄭在台經略二十二年，其最大貢獻在於以軍屯方式開發台灣各地，各開墾地自然形成點狀村落。在康熙二十二年（西元一六八三年）施琅領兵攻陷澎湖，鄭克塽未降清以前，當時已有鳳山里、赤山里、觀音里、半屏里、興隆里、大竹里、旗後街、小竹里等地名（見曹永和「鄭氏時代之台灣墾殖」）。萬年縣（州）縣治設於埤仔頭（高雄市左營區），明鄭滅亡後，清將台灣收入版圖。康熙二十三年（西元一六八四年），全台置一府三縣，隸屬福建省。原天興州改為諸羅縣，縣治初設在佳里興，後遷至諸羅山（今嘉義市）；原萬年州改為台灣縣與鳳山縣，兩縣以二層行溪（今二仁溪）為界，台灣縣之縣治設在台灣府之附廓，鳳山縣之縣治設在興隆莊的埤仔頭舊城內。鳳山自此由山丘名稱，成為行政區域之縣名。

    鳳山縣設縣之初，領有七里（仁壽、維新、長治、嘉祥、依仁、新昌、永寧）、二保（喜樹仔、土墼埕）、六莊（興隆、半屏山、赤山、大竹橋、小竹橋、鳳山）、一鎮（安平），另平埔熟番八社、山豬毛歸化生番五社、傀儡山歸化生番七十二社、瑯歸化生番十八社、卑南覓歸化生番六十五社。縣治置興隆莊初期，設知縣一員、典史一員、儒學教諭一員（駐下淡水），當時規模草創，未建官署，知縣及佐雜均未蒞任，只在府治遙領。首任知縣為楊芳聲，同年始在舊城內建鳳山縣行署（辦公廳）。

    鳳山縣舊城原為土石堆高的土堡，康熙六十年（西元一七二一年）四月，朱一貴舉兵反清，攻陷縣城土堡。六月，亂平。次年，知縣劉光泗改築土城（為台灣第一座縣城），城周八百一十丈，高一丈三尺，東、西、南、北設四門，左倚龜山，右連蛇山，外濬濠塹，寬一丈，深八尺。雍正十二年（西元一七三四年），環縣城植刺竹三匝，以加固防禦能力。乾隆二十五年（西元一七六０年），縣城門上，建砲台四座。

    乾隆五十一年（西元一七八六年）十一月，天地會領袖林爽文起事於大里杙 ，占領彰化，差人南下聯絡阿里港人天地會份子莊大韭，韭推族兄莊大田為「大哥」，率眾呼應。十二月中旬，大田率兵二千攻鳳山縣城（舊城）。時縣城並不牢固，東、西、南三面環山，山與山間斷續處以土牆相連，間植竹樹，大田認為有隙可乘，乃誘攻屯於城外的南路營參將瑚圖里，清軍放砲，大田佯敗，清軍追擊，大田乘虛由龜山北門入城，知縣湯大奎、典史史謙等文武官員多人殉職。次年二月十四日，增援的官兵擊退莊大田，二十二日收復失陷約八十天的縣城。三月四日，莊大田反攻南門入城，八日縣城二度淪陷。

    乾隆五十三年（西元一七八八年）林爽文亂平。官民認為舊城三面環山，敵在外居高臨下，城內動向一清二楚，而當時「下陂頭街商賈輳集，莊社街市，惟此為最大。」（知縣李丕煜修鳳山縣志）眾議將縣署由興隆莊移大竹橋里下陂頭街（今鳳山市）；始建竹城，環植刺竹，編棘為籬，聊蔽內外而已。稱此為新城，以別於舊城。

    新城益趨繁榮，城門於嘉慶九年（西元一八０四年），由知縣吳兆麟所倡建，共有六座，大東門曰朝陽、小東門曰同儀、西門曰景華、南門曰安化、北門曰平朔，外北門曰郡南第一關。其中唯一現存的小東門，其內門額曰「東便門」，仍嵌於拱門之上，落款為道光十九年（西元一八三九年）。外門額「東便門」所嵌大理石製，則為近年縣府整修後增加之物。

    東便門城門外，於同治三年（西元一八六四年）建一座石橋，橫跨鳳山溪，曰東福橋。東福橋為清代鳳山縣城內「打鐵街」與城外「過溝仔街」的重要橋樑，通往下淡水（屏東）。城門外與橋頭之間，有座土地廟「東福祠」為 橋之守護神。東便門與東福橋為全台清代建築中，少數還具有實用功能的古蹟。
    嘉慶十年（西元一八０五年）四月，海盜蔡牽犯淡水；十一月入鹿耳門，山賊吳淮泗應之；十二月，陷鳳山城。官民再度發現新城不夠牢固，而有遷回舊城之議。嘉慶十二年且有明文將縣治遷回舊城，但文武官員仍駐新城（此後縣署一直未遷回舊城）。

    道光四年（西元一八二四年），福建巡撫孫爾準巡視興隆莊，根據官紳建議，奏准朝廷重建鳳山舊城。道光五年動工，將蛇山排除在外，全圍龜山，城高一丈二尺，寬一丈五尺，周一千二百四十丈，仍置四門，門上有樓，高四丈二尺。東門曰鳳儀、西門曰奠海，南門曰啟文，北門曰拱辰。城牆為老古石，比土城更為堅固。

    道光十七年（西元一八三七年），曹謹任知縣，為加強新城工事，次年（西元一八三八年）增修鳳山新城，濬渫濠塹，廣一丈二尺，深一丈一尺，周一千一百二十丈，並在六座城門上建城樓，築砲台六座。

    這六座砲台的位置，分別在縣城土牆的東北、西南隅各一座；東南、西北隅各二座。各就其地形和防禦需要而設。目前尚存的三座砲台遺蹟，包括：西北隅的平成砲台（呈長方形）、西南隅的澄瀾砲台（呈不規則八角形）、東南隅的訓風砲台（呈長圓弧形）。其中以平成砲台完整之外，澄瀾砲台與訓風砲台僅存崁有花崗石刻上砲台名稱的橫額與牆面，很難看出砲台全貌：民國八十七年由高雄縣政府發包整修三座砲台殘蹟，次年完工，三做砲台使恢復全貌。

    咸豐四年（西元一八五四年），參將曾元福建造土牆，高八尺，寬二尺，上無雉堞，周如濠之數，牆外仍植刺竹。這種夯土疊砌的牆，不易久存，至光緒十八年（西元一八九二年）發生城牆倒坍，知縣李淦命業戶捐款重修。

    日據時期，鳳山縣轄境人口增多，城外人口密集，縣城的軍事防禦功能漸失，加上都市計畫拓寬道路，縣城土牆禁不住風雨的侵蝕與時代變遷的破壞，光復後，人力維護不善，縣城古蹟的消失，自然是預料中的事。